個人的予想。

ネギまは、アスナたちが中等部卒業までやるのなら二十巻強、もしくは三十以上続く計算になるわけですよ。
そうなるとどういう終わり方になるかっていうのは気になるわけですよ。
で、予想してみるんです。

九巻の時点で重要なのは、魔法がばれていない人間がどんどん限定されていることです。
自分の予想するラストで重要なのが、早乙女ハルナですよ。
図書館探検部で唯一ばれていません。
そこを元に、彼女たちの友情話って展開できますよね。
あと、アスナは高畑先生が魔法使いってことを知っていません。
以降の物語にかなり影響が出るでしょうな。
もうひとつ、おそらくあのシスターはあの人でしょうな。
てことはネギが魔法使いだってことを知っているはず。

で最終回までの流れを予想。

フェイトの正体やら、ナギに出会うやら、いろいろあり、
結局３−Ａ全員に正体がばれたこともあって卒業と共に麻帆良を去るネギ。
このかと共にウェールズに帰り、治癒魔法で治す旅に出る。
このかが帰ってくるが、ネギは帰ってこない。
ネギはそのまま旅をする（もしくはウェールズにいたまま）という。
（ナギはミニステル・マギを従えていなかったようなので、彼の息子であるネギも問題も無いはず）
高校生になって、クラスもバラバラになり、２（３）−Ａの思いでも薄れていき、
そして時は過ぎていく。

女子中等部のあの頃から数年ほど後の未来で、
人気漫画家になったパルが、もう一度皆に思い出してもらおうと（そこにアスナやのどかやらのてこ入れも加えて）
あの懐かしい日々をマンガにすることを決める。
タイトルはまず、「魔法先生ネギ」にしようとするが、
彼が麻帆良学園にいたことから「ま」をつけることに決める。
（以前ネギまのタイトル名の「ま」ってなんだっていろいろ言及されたことはある）
発売日の当日、十五歳のネギがまた、日本に戻ってくる・・・。

終わりかたどっかであったような覚えがある（汗）。
でもまあキレイな終わりじゃないでしょうか。
魔法先生ネギまの「ま」は麻帆良のことだと予想しております。
そうなると、何らかの形でネギと麻帆良を繋ぐ「モノ」が必要だと思い、
赤松氏自身漫画家であるのだから、最も自身に近いパルに託したりしちゃったり。

でもまあ実際こんな終わりだったら号泣するかもしれん。